深度測序深入剖析人類機體整套免疫系統的功能

從研究者Susumu Tonegawa（利根川進）及同事發現哺乳動物免疫系統的抗體多樣性秘密到現在已經過去40多年了；早在1978年，日本科學家Tonegawa就通過利用相對較低分辨率的工具發現，B細胞可以從大量收集的可變（V）、多樣性（D）及連接（J）基因片段中有效地選擇一個來產生功能性的抗體基因，同時研究者還可以通過剔除插入到基因組中的DNA來將上述基因片段連接起來，而這被稱之為體細胞重組。

研究者Susumu Tonegawa因“發現抗體多樣性的遺傳學原理”獲得了1987年的諾貝爾學或醫學獎，然而細胞如何行使這些基因組操作工作依然是個謎題，如今非常感謝新一代的DNA測序技術使得這些機制重新被科學家們所關注，同時表觀遺傳學信號似乎也會影響偏遠基因組元件的成環和重排的能力。

在一項研究中，來自英國巴布拉漢研究所(Babraham Institute)的研究人員Anne Corcoran和其同事就利用了一種名為VDJ-Seq的方法，結合高通量測序技術ChIP-seq及其它測序技術揭示了VDJ重組事件中V基因使用背后的表觀遺傳因素；VDJ重組即H鏈可變區的D基因的任一段與J基因拼成DJ基因后再與V基因任一段相結合而形成新基因的過程。

此外，來自伊利諾伊大學的研究者Amy Kenter又利用染色體構象俘獲（3C）的高通量突變體解析了免疫球蛋白區域的染色體架構信息；上述這兩項研究表明，轉錄因子結合及染色體構象在機體全部免疫系統形成中的復雜重要角色。

VDJ-Seq方法的圖表

遺傳偏差

小鼠的免疫球蛋白重鏈區包含了195個V基因，10個D基因以及4個J基因，其跨越了3Mb長度的基因組DNA，這些基因片段可以隨機重組產生7800種基因組合方式，而且，每個重組片段中的隨機核苷酸插入以及剔除，輕鏈基因，諸如體細胞高頻突變等機制以及抗體產生的數量都會呈指數形式增長，然而基因的使用或許并不是*隨機的，有些V基因相比其它基因而言卻會非常頻繁地發生重組。

研究者Corcoran推測了隱藏在染色質結構及其它表觀遺傳改變背后的結果，他表示，雖然VDJ-Seq技術在不斷變革，但他們意識到必須擁有大量的表觀遺傳學數據才能夠在較大的免疫球蛋白區域進行繪圖，但如今研究者并不清楚上述過程中每個基因使用的頻率如何。

VDJ-Seq技術基于引物眼神到了J區域，所以該技術可以覆蓋DNA中重組的VDJ基因組序列區域，通過捕獲來自小鼠早期階段祖B細胞(pro B cells)中的DNA，并且對相應片段進行測序；研究者指出，在小鼠被感染之前或暴露于病原體之前，這種新技術就可以對其機體一系列基因的使用情況進行大范圍的普查。

在小鼠免疫球蛋白重鏈基因去的195個V基因中，128個基因都會發生頻繁重組（活性狀態），而67個基因則不會重組（失活狀態）；為了理解活性和非活性基因區域間的差異，研究小組將V基因的使用數據同18個表觀遺傳學數據庫（包括ChIP-seq和非編碼轉錄數據庫）相互關聯，從而尋找可以預測基因重組的相關因子，zui后研究者鑒別出了兩種表觀遺傳學標記：A和E，這兩種標記同活性重組之間存在一定關聯，兩者并沒有參與種系的轉錄，研究者意外發現，這種轉錄或許會被認為在重組中扮演重要角色，研究者指出，被兩種名為CTCF和RAD21轉錄因子定義的標記可以在基因的3’端進行結合，盡管在結構上表現不同，但特殊標記可以使得基因更有可能發生重組。

上述研究結果在很大程度上同2013年斯克利普斯研究所科學家Ann Feeney進行的研究相似，Ann Feeney的研究同樣也在V基因的使用中提及了轉錄因子CTCF和RAD21，然而研究者zui終并沒有鑒別出一種簡單的表觀遺傳學標記。Feeney說道，目前沒有一個參數可以表明直接的線性關聯，這并不是說如果我們有特殊的組蛋白標記，我們就可以獲得較多的重排組合。

研究者Corcoran說道，VDJ-Seq技術僅僅是所謂的整套測序（repertoire sequencing）策略中的一種，但其卻提供了兩種關鍵的優勢，*，VDJ-Seq不像其它方法，其可以對DNA測序而并不是RNA，盡管重組通常發生于DNA中，我們仍然需要實驗來直接定量地觀察，從而發現一系列影響，包括產生VFJ事件的V基因之間的差異，V基因增強子以及RNA的穩定性等，其它的優勢就是VDJ-Seq不會在覆蓋V基因的區域出現偏差，而且VDJ-Seq并不依賴一系列V基因啟動子。

一個關于架構的問題

研究者Kenter從體系結構的角度解析了免疫球蛋白重鏈區域的奧秘，通過利用此前存在的HiC數據庫數據，他們發現，免疫球蛋白重鏈區域（lgh）位于名為拓撲相關結構域（TAD）的隔絕的染色體附近區域，隨后研究者利用高分辨率方法（5C）以及3-D熒光原位雜交（DNA FISH）揭示了lgh的拓撲相關結構域實際上包含有三種不同的亞結構域或環狀結構，每一種都和近段、中間及遠端的V基因家族相對應，而且每一種都將其轉角區域鑲嵌到了CTCF及其它的B細胞特異性轉錄因子的結合位點處，這些轉錄因子就可以“停泊”架構環狀結構。

如今研究者想知道是否這些特殊的轉錄因子會影響V基因的利用（使用），他們已經將位點壓縮同環狀結構了其它，研究者Kenter解釋道，我們需要理解是否這些環狀結構可以幫助確定V基因的利用。對于研究者Corcoran而言，他們目前正在深入研究來確定新鑒別出的機制是否會影響人類機體的整個免疫系統。

zui后研究者Feeney說道，免疫球蛋白基因位點就是一種動態學的結構，在每一個B細胞中，其都會發生不同的變化，而且免疫球蛋白基因位點會發生改變，否則我們機體就不會產生多樣化的體系，因此我們或許并不會驚訝地發現多個因子會影響整個機體過程，而且還是在多個不同水平下影響的，我認為這只是多種驅動力組合所引發的結果。